ישנם שלושה קריטריונים עיקריים לבחירת החומרים למכונות כוסות נייר, ונציג אותם אחד אחד בהמשך.
ראשית, המידע על כוס הנייר מיוחס לציון המזון. לכן, נתוני הנייר הטובים ביותר הם לבחור את הנייר המקורי ולא את חומר הנייר לסילוק משני;
שנית, יש צורך לבחור חומרי נייר שאינם מכילים חומרים ניאון העשויים לעמוד בתקני התעשייה המקבילים. אל תבחר חומרי נייר המכילים כמויות מופרזות של חומרים ניאון בגלל מחירים נמוכים. חומר זה המזיק יתר על המידה מזיק לגוף האדם.
לבסוף כוסות הנייר המיוצרות על ידי מכונת כוס הנייר מלאות בנוזל. לכן על חומרי הנייר להיות בעלי עמידות במים ועמידות בפני לחץ מסוימים, כך שלא קל לשבור ולדלוף את מכונת כוס הנייר כאשר נוצר הספל.
באופן כללי, כוס הנייר תעובד על ידי סרט PE של מכונת כוס הנייר במהלך תהליך הייצור. טיפול זה מוסיף סרט פנימי לשכבה הפנימית של כוס הנייר, שיכולה לעמוד בטמפרטורה גבוהה ובמים.
אם מכונת כוס הנייר בוחרת סילוק שעווה לכוסות נייר, עליה לסמן אותה על האריזה החיצונית כדי להבהיר כי כוס הנייר הזו מתאימה להחזקת נוזלים בטמפרטורה נמוכה יותר, ונוזלים בטמפרטורה גבוהה אינם מתאימים.
